Um dos softwares mais práticos para essa tarefa é o USB Disk Storage Format Tool.
Após realizar o download, acompanhe o tutorial abaixo e aprenda a recuperar seu pendrive corrompido:

Passo 1
Antes de formatar o pendrive, você pode tentar solucionar o problema fazendo uma varredura. Esse recurso vai tentar corrigir possíveis erros. Para isso, marque as opções Correct errors e Scan drive. Depois, clique em Check Disk. Se após o processo seu dispositivo continuar corrompido, você deve formatá-lo.

Passo 2
Para formatar, desmarque as caixinhas do passo anterior e selecione Quick Format. Depois, clique em Format Disk. O processo demorará mais do que no procedimento anterior. Após acabar a ação, o seu pendrive deve estar limpo e pronto para ser usado novamente.
Fonte: UOL